这个认知应该来自毒蛇或者树汁。
游戏里的毒素一般就是英文里的 poison。
而且这个题基本是不用考虑汉语的, 中国传统一般认为中毒和紫色相关联。
poison 这个词早在化学这个学科建立以前就是绿色毒药的代名词了。
所以从化学角度答肯定是错的, 应该考据更古老的用法。
英语中表示毒物的词主要有三个：poison、venom 和 toxin。
本身是法语, 词源是拉丁语 potare, 表示饮用水, 毒药的含义可能在 12 世纪出现。
词源是拉丁语 toxicum, 往前追溯是 toxikon, 表示“涂在箭头上的东西”, 一般涂植物提取物制成的毒药。
总不能涂大便?
词源是拉丁语 venenum, 再往前追溯据说是 venus (反正书上这么写的), 原指爱的魔药，后衍生出毒药的含义, 最后转变为英语中的 venom。
还有一个词 virus, 现在叫病毒, 但这个词在成为医学术语之前指树汁。
这个词又和拉丁语 vīpera 毒蛇有一定关联, 词根 ven- 与 vī- 同源, 都是力量、生命和活力的意思。
poison 怎么从饮用水变成毒药的暂时没查到学术界的定论。
但是可以猜测是有人把毒蛇的毒液或者有毒的树汁滴到了饮用水里, 然后喝下这水的人直接被毒死了。
然后 poison 的含义就被污染成了毒药。
而植物和毒蛇大多数都是绿色的, 所以人们对绿色液体形成了恐惧。
当然化学后面强化了一波毒是绿色的认知也是真的。
1775年，化学家谢勒发明了谢勒绿，主要成分为含亚砷酸铜 \rm{CuHAsO_3} ，其鲜艳的色调风靡欧洲，被广泛用于墙纸、服饰、玩具甚至食品染色。
现代人一看砷就知道是什么情况了, 但古代砷的作用尚不明确, 反正他们突然很喜欢砷绿色, 这波属于是自我灭绝。
贵族这种生物我也不懂, 罗马贵族还喜欢铅呢。
拿破仑被流放到圣赫伦那岛上的时候，他居住的房间墙壁布满了砷绿色壁纸。
而对他的头发进行分析也发现了砷，所以很多人觉得拿破仑是被毒死的。
圣赫伦那岛气候潮湿，壁纸很容易发霉，霉菌会把壁纸中的砷酸转为三甲基胂 \rm{(CH_3)_3As} 与胂，造成吸入性中毒。
然而砷这东西大部分化合物溶液都是无色的, 所以谢勒绿(18世纪)不可能是 poison 绿色认知(12世纪)的起源。
至于霉菌说也不大可能, 有些霉菌确实是绿的, 但是缺了转变为液体这一步关键演变, poison 在带有毒药含义之前首先是一种液体, 而且从古英语文献看来还是可饮用的液体。
我认为霉菌说证据不足。
然后又因为绿色和有毒绑定太深了, 导致人们认为辐射也是绿的, 辐射而死会化为绿水。
于是绿色成功又毒害了一个词。