因为在带元时期喇嘛教虽然地位高，但根本没有后来的明清时期在蒙古那样的独尊地位。带元皇帝本质上还是信仰长生天，对于包括喇嘛教基督教伊斯兰教乃至于儒家思想都是一种尊重并利用的态度。

有一个一手资料可以说明带元时期真实的宗教情况，在欧洲中世纪有一个意大利人传教士鄂多立克曾经在1325-1328年左右在带元泰定帝时代的北京皇宫生活，据他所言泰定帝周围信仰什么宗教的人都有，宫廷中为泰定帝服务治疗疾病照顾身体的有四百个偶像教徒（喇嘛教佛教和道教徒），八个基督徒和一个穆斯林。不管是偶像教徒基督徒和穆斯林都很受尊重，每年可以领取很多俸禄，并且可以陪皇帝去上都打猎。

而且鄂多立克还记录一些颇有趣的情况，这些情况可以反映带元的真实宗教情况。在他的记录中，带元宫廷里面流传的似乎是一种基督教和喇嘛教混合的宗教。那些喇嘛教僧侣（或者说是不太虔诚的基督徒）如果看到有人生病，就高喊耶稣基督的名字，命令附在人身体里的魔鬼赶紧跑到妖怪塑像里面去，然后这些僧侣烧掉妖魔附身的塑像，再给人喝圣水，就这样治好了病人的疾病。

而其他的一些历史记载也可以证明带元采取的实际上是多元宗教政策，而不是独尊喇嘛教政策。明初编修的《元史.泰定帝本纪》记载泰定帝曾经在全国广建喇嘛教寺庙，并绘制八思巴画像。也曾经资助道教徒做法事。

辛未，绘帝师八思巴像十一颁各行省，俾塑祀之。

十一月己丑，命道士修醮事。

泰定帝对于儒家思想，甚至都是一种尊重宗教的态度，泰定帝即位后命令召集儒臣开始经筵讲课，自己听儒臣讲解儒家学说，并且在当皇帝时期学会了写汉字。但他又不是独尊儒术。而是把儒家思想和道教喇嘛教基督教伊斯兰教放在一起并尊。

甲戌，江浙行省左丞赵简，请开经筵及择师傅，令太子及诸王大臣子孙受学，遂命平章政事张珪、翰林学士承旨忽都鲁都儿迷失、学士吴澄、集贤直学士邓文原，以《帝范》、《资治通鉴》、《大学衍义》、《贞观政要》等书进讲。

《元史.泰定帝本纪》

所以喇嘛教在元代并没有取得独尊的地位，带元皇帝内心深处还是信仰长生天。所谓尊崇喇嘛教对于带元而言，和尊崇儒家尊崇道教汉传佛教基督教和伊斯兰教并无区别，本质上都是为了笼络人心，是联合语言文化不同的各个民族的上层维持带元统治的需要。

而随着蒙古帝国在明军的攻击下彻底垮台，多民族的带元帝国彻底瓦解，尊重多种宗教对于残存的蒙古汗国而言毫无意义，因此蒙古自然就回归长生天信仰了。至于后来明朝中后期俺答汗和喇嘛教联合，以帮助喇嘛教传教为交易获得西藏法王的可汗册封，那又是另外一个故事了。