谁说的？
《明史》一共332卷，其中最后四卷就是《西域传》，五万多字，大概占了《明史》全部篇幅的1/65，这个比例可不低了。而且《明史》说的西域范围非常大，哈密、安定等关西八卫是西域，再往西的火州、柳城、土鲁番是西域，高原上的乌思藏、朵甘乃至陕西治下的西宁河洮岷州所辖番族也是西域，川边打箭炉的长河西、董卜韩胡还是西域，过了天山的撒马尔罕一直到阿拉伯半岛的麦地那都是西域。总之，两京十三省西边的，就算西域。
而且，西域和外国还不一样。《明史》里最后一个人物列传是《流贼传》，主要是李自成、张献忠，附带高迎祥等人，再往后是地域划分，卷310到319这十卷是《土司传》，卷320到328这九卷是《外国传》，卷329到332这四卷是《西域传》。经常看到说明朝疆域就是两京十三省根本没有乌思藏更不用说奴儿干，原因之一也在这儿，朝鲜、琉球、安南在《外国传》，乌思藏、朵甘、哈密在《西域传》，至于奴儿干、建州卫，对不起，《明史》里没有，原因你也懂。
当然，《明史》的这种编排方式也是有迹可循的，早于《明史》的《明史稿》在最后的这几种类传上的安排方式就跟《明史》不同。《明史稿》是416卷，比《明史》多了四分之一，最后的类传，卷407、408是两卷《盗贼传》，407是从“洪武年贼”写到“天启年贼”，包括了陈永定、唐赛儿、叶宗留、邓茂七、黄萧养、刘六、刘七、以及此起彼伏的苗瑶起义，408专写李自成、张献忠，相对于《明史》的流贼传丰富了很多。再往后，卷409到412这四卷是土司，卷413到416是《外蕃传》，其中413是关系最密切的朝鲜琉球日本安南，414是占城暹罗吕宋爪哇这些郑和的老朋友，415是哈密、火州、亦力把里、撒马尔罕、乌思藏，也就相当于西域，416是蒙古。
在《大明会典》里，周边势力是放置于礼部主客清吏司门下，从卷105到108，四卷，标题是《朝贡》，分别是东南夷、北狄、东北夷、西戎，其中朝鲜、琉球、安南、日本和郑和下西洋诸国在东南夷，北狄是鞑靼、瓦剌、朵颜三卫，东北夷是海西、建州女真，西戎有上下两部分，上部分是哈密、土鲁番、撒马尔罕、麦地那，下部分是青藏高原，相当于《明史》里的西域部分。
《大明一统志》里也有这样的安排，两京十三省的府州县卫所之后，卷89、90是《外夷》，从前往后罗列顺序是朝鲜、女直、日本、琉球、西蕃（乌思藏）、关西八卫、火州、亦力把里、撒马尔罕、安南、占城、暹罗、爪哇及其他郑和下西洋诸国，最后的最后是鞑靼和兀良哈。
也就是说，题主说的正好相反，明朝自己人编写的史志里是没有西域的，但清朝给他们编的《明史》里有。
不过，虽然没体现在目录里，但《大明会典》是有西域这个概念的，卷107西戎部分开头就说：“自陕西兰州渡河，千五百里至肃州，肃州西七十里为嘉峪关，嘉峪关外并称西域；而陕西以南，并四川、抵云南外徼，并称西番。”也就是说明朝人自己是把西域和西番分开来说的，嘉峪关以西是西域，青藏高原是西番，不一样。
在明代官方培养翻译人员的四夷馆机构设置中，这俩也是分开的，一开始明朝设置的翻译八馆是蒙古、女直、西番、西天、回回、百夷、高昌、缅甸，正德增设八百馆，万历增设暹罗馆，合称四夷十馆，这十种文字分别是蒙古文、女真文（旧式女真文，跟满文不是一回事）、藏文、阿拉伯文、印度文、波斯文、傣文、回鹘文、缅文、老傣仂文、泰文。这里头“西番”是独立列出的。
说起来，明代西域这个概念是一直在变动的，总的来说就是明朝管到哪儿，从这儿往西就是西域。比如洪武三年朱元璋说“西域诸种番王各献良马来朝，俯伏听命”，这里头的西域说的河湟、河西一带，那会儿明朝只能控制到兰州，所以河西走廊算西域。不久后明军攻占河州，河州是元代用于镇守吐蕃的驻地，占领这儿算控制吐蕃（逻辑感人），所以朱元璋“遣通事舍人巩哥锁南等往西域招谕吐蕃”，青藏高原也算西域。这次招抚取得了成果，高原归附，设置了朵甘卫、乌思藏卫，所以洪武十一年朱元璋派僧人宗泐去印度，这叫“遣僧宗泐等使西域”，青藏高原已经不算西域了，印度才算西域。
之前 @林溪主人 说过一个有趣的例子，明初著名陆上外交家陈诚曾经四次出使新疆、中亚地区，但其中因为洪武二十九年这次去的是撒里畏兀儿，而撒里畏兀儿早在洪武七年就归附了，所以这地方在时人认知中就不算西域，陈诚自己都表示自己“三使异域，皆幸不辱君命，无负厥职”，而不是四次，因为第一趟去的是边疆而不是西域。永乐十一年他再次出使西域的帖木儿汗国，回来之后在《奉使西域复命疏》里自称“所历西域一十六处”，但他的《进呈御览西域山川风物纪录》记载了十八处地名，缺了两处，总不能去了十八个地方却只报十六处吧？所以两下对照之后发现，路上经过的崖儿城和哈密这两处不算西域，因为这俩当时已经是哈密卫了，算边疆，不算西域。
总之，在明朝的这种诡异设定里，只要是出了嘉峪关陆路能到的地方，都可以算作西域，所以某种意义上，利玛窦也可以说是西域人。当然这也不是明朝独创的观点，元朝也这样，比如元朝的“罗马郡王”爱薛，《元史》列传中就说他是“西域弗林人”，嗯，叙利亚也算西域，没毛病。